day6 --- 吴吞吞

linux 环境下软件安装

conda

linux 的应用商店,相当于Linux的App store。

下载conda (基本的生信分析Miniconda即可)

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh安装minicondabash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh sh是脚本,类似软件安装包,需要运行bash 开始安装。安装过程会出现很多版权信息,可按q跳过,有提示需要按enter的地方要按enter,遇到问题回答yes。最后出现“Thank you for installing Miniconda3 !”说明安装成功。

安装成功后激活

source ~/.bashrc

conda

配置conda镜像 (和R一样,conda也在国外,所以需要配置镜像,从镜像网站下载,加快下载速度。

代码语言:conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
复制

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes `. #使用北外的镜像

使用conda

conda list #查看服务器上安装的所有软件

conda install fastqc=0.11.7 -y #默认安装最新版本,防止新版本有bug,指定特定版本,此处=0.11.7即为指定的版本号, -y 表示安装过程中的问题都回答yes。

fastqc --help #查看fastqc的帮助文档,因为只有安装成功的软件才可以看到帮助文档,所以可以确认是否安装成功。

写在最后:经过多次debug,终于安装成功fastqc,完成今日任务。过程中最重要的问题是忘记这是在服务器操作,第一次下载迷你miniconda就下载了Mac版,安装过程系统询问说环境不是macOS,是否要安装Mac版,没意识到出问题了,后面就华丽丽失败了,最后说已经有一个miniconda,要改地方。后面终于醒悟,因为我在服务器操作,所以我需要安装的是Linux版本,之后终于安装成功。然后利用conda安装fastqc又失败了,问了花花老师才意识到又忘记了我是在国内的服务器上操作,需要配置镜像,之后配置好镜像,就可以成功安装fastqc了。划重点:生信的Linux操作是在服务器上,是Linux环境。

选修 conda 环境(像在conda里建不同的文件夹,管理不同的课题,但会更高级,可以不同的环境里安装不同的软件)

conda info --envs #查看当前环境,输出结果中前面带*的是激活的conda 环境。

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #新建conda环境 rna-seq

conda activate rna-seq #激活新的conda环境, 激活后用户名前面会变成激活的conda环境,而不是最早的base。

conda deactivate # 退出当前环境