Day6 画图

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作图

base(plot函数)

ggplot2

ggpubr

拼图：patchwork

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经典三段论

ggsave

eoffice-topptx

基础包-绘图函数

基础包-绘图函数

低级绘图函数不能单独运行，必须依托高级绘图函数，可以对画出来的图添加细节。

ggplot2

1.入门级绘图模板

代码语言：R
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ggplot(data = <DATA>) +
<GEOM_FUNCTION>(mapping = aes(<MAPPINGS>))

特殊语法：列名不带引号，行末写加号

2.属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状、线型等）

2.1 手动设置
2.2 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性

映射与手动设置的比较

映射：根据数据的某一列的内容分配颜色

手动设置：把图形设置为一个或n个颜色，与数据内容无关

Q1：自行指定映射的颜色

代码语言：R
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ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                                               y = Petal.Length,
                                               color = Species))+
scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))
#使用配色包配色
ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species))+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")

Q2区分color和fill两个属性

1 空心形状和实心形状都用color设置颜色

代码语言：R
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ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species),
             shape = 17) #17号，实心的例子

ggplot(data = iris)+

geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,

y = Petal.Length,

color = Species),

shape = 2) #2号，空心的例子

2 既有边框又有内心，才需要color和fill两个参数

代码语言：R
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ggplot(data = iris)+

geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,

y = Petal.Length),

shape = 24,

color = "red",

fill = "yellow") #24号，双色的例子
2.3 几何对象

几何对象可以叠加

代码语言：R
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#局部设置和全局设置

ggplot(data = iris) +

geom_smooth(mapping = aes(x = Sepal.Length,

y = Petal.Length))+

geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,

y = Petal.Length))


ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))+

geom_smooth()+

geom_point()

图层和几何对象一个意思

2.4 位置

确保横纵坐标上不同点不会重叠到一块去

代码语言：R
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ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,

y = Sepal.Width,

fill = Species)) +

geom_boxplot()+

#geom_point(position = "jitter")

geom_jitter()
2.5 坐标系

coord_flip()翻转坐标系

2.6 主题

theme_bw()改主题，去掉灰色的格子

图层叠放顺序：先写先放（底层）

ggpubr

代码语言：R
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library(ggpubr)

p = ggboxplot(iris, x = "Species", y = "Sepal.Length",

color = "Species", shape = "Species",add = "jitter")

p


my_comparisons <- list( c("setosa", "versicolor"),

c("setosa", "virginica"),

c("versicolor", "virginica") )

p + stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,

aes(label = after_stat(p.signif)))

图片保存

ggplot系列：

ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")

通用：三段论

eoffice包： 导出为ppt,全部元素都是可编辑模式

代码语言：R
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library(eoffice)

topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")

dev.off()

找画图代码的途径

  1. 搜狗微信搜索公众号教程
  2. STHDA网站http://www.sthda.com/english/搜索，有示例代码和示例数据

    画图思维
#学习笔记