单细胞分析环境搭建

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一、安装软件

1.1 Cell Ranger 下载安装（需注册）

Cell Ranger 是 10X genomics 官网提供的单细胞数据分析软件。可以直接输入 Illumina 原始数据 BCL 或 FASTQ 格式，Cell Ranger 集成了 10 x genomics 单细胞数据分析的一整套流程模块，可以直接进行碱基识别，文库拆分、细胞拆分、输出表达定量矩阵、降维（pca），聚类以及可视化，配合另一套 Loupe Browser 软件，可以非常简单的探索单细胞数据。Cell Ranger 需要从 10 x genomics 官方网站进行下载，下载时需要注册，然后生成专属地址下载。

下载网址：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest

1.2 Loupe Browser 下载（需注册）

Loupe Browser 是 10x Genomics 官网提供的单细胞数据可视化软件，输入文件为 Cell Ranger分析之后生成的.cLoupe 文件即可直接使用。

1.3 bcl2fastq

下载地址：https://support.illumina.com.cn/sequencing/sequencing_software/bcl2fastq-conversion-software/downloads.html

2.20的rpm比较难下载到，illumina官网下载总跳转到不知名链接，我将下载好的zip传到百度网盘了。

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unzip bcl2fastq2-v2-20-0-linux-x86-64.zip # 上面下载到的
yum install -y bcl2fastq2-v2.20.0.422-Linux-x86_64.rpm

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$ bcl2fastq -v
BCL to FASTQ file converter
bcl2fastq v2.20.0.422
Copyright (c) 2007-2017 Illumina, Inc.

1.4 其他软件

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#创建虚拟环境
conda create -n singlecell -y
conda activate singlecell
mamba install -y fastqc
mamba install -u multiqc
mamba install -y fastp
mamba install -y star
mamba install -y bioconductor-singler
mamba install -y samtools
mamba install -y featurecounts
mamba install -y r-seurat
mamba create -n umi_tools -y umi_tools

二、下载参考序列

10x genomics 官网提供了人和小鼠的参考基因组可以直接用于 cellranger 分析，从官网可以直接进行下载。并且软件提供了多个基因组版本可供选择。

链接地址：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/release-notes/build#grch38_#%7Bfiles.refdata_GRCh38.version%7D

基因组下载，版本 References - 2020-A (July 7, 2020)

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#人基因组
wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz

#小鼠基因组

wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz


#人和小鼠混合

wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-and-mm10-2020-A.tar.gz

写在最后：有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。原地址暂未启用（bioinfoer.com）。

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sx.voiceclouds.cn

有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。

#browser#com#pca