RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD

摘要:

计算两个小分子之间的RMSD,可以用来判断两个构象的接近程度。

方法:

1

安装Anaconda

Win或Linux系统下安装Anaconda

2

安装RDKit

conda install -c rdkit rdkit

3

RMSD脚本使用

python isoRMSD.py mol1.pdb mol2.pdb rmsd.txt


阅读原文,查看详细的isoRMSD.py脚本。