RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd

摘要：

使用Kabsch算法（1976）或Quaternion算法（1991）进行旋转，在两个笛卡尔坐标之间.xyz或者.pdb格式中计算均方根偏差（RMSD），从而得到最小的RMSD。

方法：

1

安装Anaconda

Win或Linux系统下安装Anaconda

2

安装rmsd

pip install rmsd

或

python -m pip install rmsd

3

RMSD脚本使用

calculate_rmsd --help

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实例

calculate_rmsd ethane.xyz ethane_translate.xyz

calculate_rmsd ci2_1.pdb ci2_2.pdb

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参考：

https://github.com/charnley/rmsd