RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd

摘要:

使用Kabsch算法(1976)或Quaternion算法(1991)进行旋转,在两个笛卡尔坐标之间.xyz或者.pdb格式中计算均方根偏差(RMSD),从而得到最小的RMSD。

方法:

1

安装Anaconda

Win或Linux系统下安装Anaconda

2

安装rmsd

pip install rmsd

python -m pip install rmsd

3

RMSD脚本使用

calculate_rmsd --help


实例

calculate_rmsd ethane.xyz ethane_translate.xyz

calculate_rmsd ci2_1.pdb ci2_2.pdb


参考:

https://github.com/charnley/rmsd