Conda — linux的软件管理专家
认识 Conda
Conda 是 linux 系统中最方便快捷的下载器，两个版本：建议安装miniconda版
安装 Conda
- 浏览器搜索“miniconda 清华”，点击进入，下划找到 miniconda 网址
- 查看自己的服务器是多少位的：
uname -a
- 在自己的服务器新建一个文件夹，专门存放软件
mkdir biosoft进入文件夹cd biosoft - 右键最新版本的 miniconda 链接，复制链接，在服务器页面用 wget 命令➕链接
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.3.1-0-Linux-x86_64.sh
复制链接
下载 miniconda - 安装 miniconda,
ll命令能看到刚才下载的文件 输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 一直按 enter 键，直到出现下图，输入
yes,按enter，接着 enter
- 最后还要激活
source ~/.bashrc然后输入conda，出现满屏信息，大功告成！
添加镜像
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
复制下边的代码，添加我们常用的镜像网站
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用 conda
1 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
2 安装软件，以fastqc软件为例， conda install fastqc -y （-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本 如果要指定版本号，可以
conda install fastqc=0.11.7 -y
3 确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc --help,出现大片文字，说明安装成功
4 卸载软件conda remove fastqc -y
因练习服务器比较弱，任务没有成功
5 添加环境
- 先查看当前conda有哪些环境
conda info --envs(前面带*的就是默认的)，可以看到，我们目前就一个conda环境
比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y,这段代码可以创建一个新的 conda 环境，还能把fastqc、trimmomatic这两个软件安装在新的环境里。
创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，
conda info --envs，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base
6 激活环境
conda activate rna-seq，这时默认的*就会转移到rna-seq前面； 另外你会发现在用户名前面出现了(rna-seq)
输入trimmomatic会出现该软件的用法文档
7 退出环境conda deactivate,又回到了 base 环境
