一步确定你的基因集在两个状态中是否显著的一致差异

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不能出门的日子，除了吃吃睡睡，你还能做什么呢？快快趁着这个机会好好修炼啊。

我们先来认识一下GSEA。GSEA（Gene Set Enrichment Analysis，基因集富集分析）是一个计算方法，用来确定某个基因集在两个生物学状态中（疾病正常组，或者处理1和处理2等）是否具有显著的一致性差异。一般通过网站下载安装后使用（https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp）。

但是！！！你有没有遇到过这种情况呢？

试一试这个R包吧。iGSEA（Integrative Gene Set Enrichment Analysis Approaches；v1.2，2017-05-07）就是基于GSEA方法整合多个GSEA研究结果的一个混合策略。它提供三种方法：基于固定效应模型的iGSEA-FE，基于随机效应模型的iGSEA-RE，以及用于整合多个基因集富集研究的iGSEA-AT。适用于分类表型和连续表型。最终结果为基因集FDR校正后的显著性Q值。

下面我们就来认识一下它。

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##安装并导入
install.packages(“iGSEA”)
library(iGSEA)
##查看帮助
??iGSEA

##主要功能函数igsea.test的几个参数，其他几个参数默认即可。

gel：基因表达水平的数值矩阵（行-基因，列-样本）。

pheno：表型的数值向量。

ssize：每个研究中样本数量的数值向量。

gind：基因是否包括在研究中的0-1矩阵（1-包含，行-基因，列-研究）。

gsind ：基因是否包括在基因集中的0-1矩阵（1-包含，行-基因，列-基因集）。

vtype：表型类型，“binary”或“continuous”。

我们来看看表达样本和样本标签文件格式。

1.特定基因集在两个生物学状态中是否具有显著的一致性差异

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set.seed(1234)
expr=read.table("expr.txt",as.is=T,header=T,sep="\t",row.names=1)   #48样本，50基因
expr=as.matrix(expr)
condition=read.table("condition.txt",as.is=T,header=T,sep="\t",row.names=1)   #48样本标签，1-病，0-常
sampleNum=c(24,24)   #病常样本数
geneInSample=matrix(rep(1, 50*2), 50)   #两种状态都包含所有基因
##注意每个基因应该至少包含在一种状态中
geneInSet=matrix(0, 50, 1);geneInSet[1:20, 1]=1   #包含在特定基因集中的基因设置为1                                          
igsea.test(expr,condition[,],sampleNum,geneInSample,geneInSet)    #输出显著性Q值，一般认为FDR<0.05为显著差异。

如果有一种状态不包含所有基因，

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geneInSample=matrix(rep(1, 50*2), 50);geneInSample[7:15,1]=0   #某种状态不包含所有基因
igsea.test(expr,condition[,],sampleNum,geneInSample,geneInSet)

结果显示某个基因集在癌常对照中具有显著的一致性差异。

2.一次可输入多个基因集

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set.seed(1234)
expr=read.table("expr.txt",as.is=T,header=T,sep="\t",row.names=1)   #48样本，50基因
expr=as.matrix(expr)
condition=rep(c(1,0,1,0),c(10,10,17,11))   #48样本标签（设置10病，10常，17病，11常）
sampleNum=c(10,10,17,11)   #病常样本数
geneInSample=matrix(rep(1, 50*4), 50)   #四种状态都包含所有基因
geneInSet=matrix(0, 50, 2)   #两个特定基因集
geneInSet[1:20, 1]=1   #包含在特定基因集1中的基因，第一列设置为1  
geneInSet[38:47, 2]=1   #包含在特定基因集2中的基因，第二列设置为1                         
igsea.test(expr,condition,sampleNum,geneInSample,geneInSet)

得到两个基因集的一致性显著Q值。

小编总结

GSEA网站打不开或者不方便Download应用程序，又或者我只想看看我的基因集在癌常状态中是否显著差异，那你可要试试今天的iGSEA。只要输入你的表达样本，敲两行代码就可以得到基因集的一致性显著Q值，是不是很方便快捷呢？

#analysis#binary#download#set