利用garnett鉴定细胞 - 成就云开发者社区

背景

网站：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/

文档：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/docs/

一、软件安装

代码语言：javascript

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library(devtools)
install.packages("devtools")

devtools::install_github("cole-trapnell-lab/garnett") #缺依赖直接conda安装了

二、下载数据库

https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/classifiers/

garnett marker gene 列表

三、利用 marker 基因进行细胞鉴定

代码语言：javascript

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#利用marker基因进行细胞鉴定

library(garnett)
#读入10x 数据，转换为cds类

pbmc_cds <- load_cellranger_data("run_count_1kpbmcs/")

#marker基因文件

marker_file_path <- "./monocle3/hsPBMC_markers.txt"
#利用marker基因进行细胞鉴定

library(org.Hs.eg.db)

marker_check <- check_markers(pbmc_cds, marker_file_path,

db=org.Hs.eg.db,

cds_gene_id_type = "ENSEMBL",

marker_file_gene_id_type = "SYMBOL")

#绘图检查

plot_markers(marker_check)

写在最后：有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。原地址暂未启用（bioinfoer.com）。

代码语言：javascript

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sx.voiceclouds.cn

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