Pymol-简介

简介:

Pymol是一款操作简单,功能强大的分子以及蛋白的可视化软件,由薛定谔公司研发,科研人员可以从官网申请最新教育版本,同时pymo的开源版(https://github.com/schrodinger/pymol-open-source),可以直接从网站上下载,但是版本较老。所以,根据需求选择版本进行下载。

本次选用版本为pymol 2.3.0,直接从官网申请的教育版本。

1:界面

pymol界面分为菜单栏,命令行框,以及蛋白操作界面,蛋白展示界面。

2:Pymol 操作

内容:导入蛋白,并显示不同的形态。

DEMO:

(1)导入蛋白

a:直接命令行输入

fetch PDBid

b:从PDB下载蛋白文件,从菜单栏file导入

(2)展示蛋白不同形态

此为pymol可以进行蛋白展示的8种representation,

操作为:

pymol蛋白操作界面,点击字母S,出现的框中,出现上述representation

3:Pymol蛋白动画制作

These make you look like a master of PyMOL.

DEMO:制作一个简单的蛋白旋转动画

制作一个类似的动画,对于清楚的展示你做要表达的内容十分重要。

pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程,此处教授一个简单的DEMO,方便入门。

流程:

Movie->Program->Camera->X-Roll->N Seconds

或者

Movie->Program->Camera->Y-Roll->N Seconds

导出流程:

File->Export Movie As -> MPEG->选择GIF->save movie as->输入文件名

微信暂时无法上传10M的GIF,以后有时间再补,顺便补下怎么制作GIF。