Pymol简介

Pymol简介

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Pymol是一款操作简单，功能强大的分子以及蛋白的可视化软件，由薛定谔公司研发，科研人员可以从官网申请最新教育版本，同时pymo的开源版（https://github.com/schrodinger/pymol-open-source），可以直接从网站上下载，但是版本较老。所以，根据需求选择版本进行下载。

本次选用版本为pymol 2.3.0，直接从官网申请的教育版本。

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1：界面

pymol界面分为菜单栏，命令行框，以及蛋白操作界面，蛋白展示界面。

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2：Pymol 操作

内容：导入蛋白，并显示不同的形态。

DEMO：

（1）导入蛋白

a:直接命令行输入

fetch PDBid

b:从PDB下载蛋白文件，从菜单栏file导入

（2）展示蛋白不同形态

此为pymol可以进行蛋白展示的6种representation，

操作为：

pymol蛋白操作界面，点击字母S，出现的框中，出现上述representation

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3：Pymol蛋白动画制作

These make you look like a master of PyMOL.

DEMO：制作一个简单的蛋白旋转动画

制作一个类似的动画，对于清楚的展示你做要表达的内容十分重（la）要（feng）。

pymol的动画制作是一个比较繁琐的流程翁，此处教授一个简单的DEMO，方便入门。

流程：

Movie->Program->Camera->X-Roll->N Seconds

或者

Movie->Program->Camera->Y-Roll->N Seconds

导出流程：

File->Export Movie As -> MPEG->选择GIF->save movie as->输入文件名称

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