Day3-鸭鸭

Day3_鸭鸭

1. conda:linux的应用商店;日常用Miniconda精华版

2. 下载conda

  • ssh登录服务器
  • cd进入biosoft目录
  • wget:下载脚本文件

3. 安装

输入以下代码,开始安装,中间出现很多的版权信息,按q跳过,不行就回车;看到问no、yes一律回yes

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 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

看到以下文字说明安装成功!

成功后需要激活:

代码语言:文本
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source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格
conda #出现满屏的信息说明成功了

4. 配置conda镜像

所谓镜像,相当于主网站的副本,conda在国外,配镜像能加快下载速度

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# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

5. 使用conda

(1)conds list:查看当前服务器上安装的所以软件

(2)安装软件

代码语言:文本
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conda install fastqc=0.11.7 -y
#-y是yes,安装过程中conda问的问题全部回答yes
#默认最新,新的有bug,可指定版本号

(3)确认是否安装成功

输入fastqc --help,若看到大片文字,说明成功

6. 创建conda环境

(1)先看当前conda有哪些环境

前面带*的就是当前激活的

(2)创建新环境

比如我们要处理转录组数据了:

先建立一个名叫rnaseq的conda环境,

然后指定python版本是3,

安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)

代码语言:文本
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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

(3)激活新环境

这时默认的*就会转移到rna-seq前面;另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq)

(4)fastqc查看是否可以使用

(5)退出环境

代码语言:文本
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conda deactivate