Day3-鸭鸭

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Day3_鸭鸭

1. conda：linux的应用商店；日常用Miniconda精华版

2. 下载conda

  • ssh登录服务器
  • cd进入biosoft目录
  • wget：下载脚本文件

3. 安装

输入以下代码，开始安装，中间出现很多的版权信息，按q跳过，不行就回车；看到问no、yes一律回yes

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 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

看到以下文字说明安装成功！

成功后需要激活：

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source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格
conda #出现满屏的信息说明成功了

4. 配置conda镜像

所谓镜像，相当于主网站的副本，conda在国外，配镜像能加快下载速度

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# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

5. 使用conda

（1）conds list：查看当前服务器上安装的所以软件

（2）安装软件

代码语言：文本
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conda install fastqc=0.11.7 -y
#-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes
#默认最新，新的有bug，可指定版本号

（3）确认是否安装成功

输入fastqc --help，若看到大片文字，说明成功

6. 创建conda环境

（1）先看当前conda有哪些环境

前面带*的就是当前激活的

（2）创建新环境

比如我们要处理转录组数据了：

先建立一个名叫rnaseq的conda环境，

然后指定python版本是3，

安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）

代码语言：文本
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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

（3）激活新环境

这时默认的*就会转移到rna-seq前面；另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq)

（4）fastqc查看是否可以使用

（5）退出环境

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conda deactivate
#conda