Day3:通过Miniconda为Linux安装程序

Linux中安装和管理软件的教程总结

1. Conda的介绍

Conda类似于Linux的应用商店,一个方便的软件管理工具,适用于生物信息学软件,建议使用Miniconda

2. 安装Miniconda

  • 通过搜索“miniconda 清华”来找到清华大学的Conda镜像网站,以便更快地下载。
  • 使用uname -a确定服务器的位数(64/32),选择相应的Miniconda版本
  • 使用cd 路径转到想要安装程序的路径
  • 使用wget后接复制下来的下载链接,下载Miniconda安装脚本。
  • 运行下载好的脚本bash Miniconda3-版本号-Linux-x86\_64.sh进行安装
  • 遵循提示完成安装,看到Thank you for installing XXX表示成功安装
  • 安装完成后,运行source ~/.bashrc来激活Conda。

3. 配置Conda镜像

为了提高下载速度,建议配置国内镜像,如北外镜像。这可以通过一系列的conda config命令来完成:

代码语言:txt
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# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

4. 使用Conda

  • 查看已安装的软件:conda list
  • 安装新软件:例如,conda install fastqc -yconda install fastqc=版本号 -y
  • 检查软件是否安装成功:运行fastqc --help,成功则有大段文字。
  • 卸载软件:conda remove fastqc -y

5. Conda环境

不同的生信项目需要不同版本的软件“分身”“环境”

  • 查看当前conda有哪些环境conda info --envs
  • 建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  • 再次查看一下我们的conda环境:conda info --envs
  • 激活新的conda环境:conda activate rna-seq
  • 在用户名root前面出现了(rna-seq)输入fastqc试试,如果出现一大片信息就可以使用了
  • 退出当前环境conda deactivate

强调学习Linux和使用命令行的重要性,放弃图形界面的思维,适应命令行操作。