生信爱好者周刊(第 27 期):真与假的界限在哪里

这里记录每周值得分享的生信相关内容,周日发布。

本杂志开源(GitHub: ShixiangWang/weekly[1]

「生信周刊讨论区(语雀)」[2]

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本周话题:真与假的界限在哪里

有一定的模糊是正常的,但太过模糊也可能让人困惑,甚至头破血流。

ICSB会议官网地址:http://csbc.org.cn/ICSB2022/index.html

2、Cell | 结直肠癌前病变多组学图谱,揭示两种常见结直肠息肉的不同癌变路径

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结直肠癌 (CRC)通常由息肉引起,其主要依据肿瘤细胞的内在特征,如染色体不稳定性 (CIN)、微卫星不稳定性(MSI)等进行分类。如果能够在高度微卫星不稳定性(MSI-H)和微卫星稳定型(MSS)CRC前体中绘制出肿瘤发生的路径,就能揭示定义CRC细胞图谱的机制,确定具有诊断或治疗效用的靶点。

来自美国范德堡大学医学院的Ken S. Lau研究团队联合Robert J. Coffey、Martha J. Shrubsole研究团队,共同绘制了一份整合了单细胞转录学、基因组学和免疫组织病理学的多组学人类结直肠癌前病变图谱,描述了两种最常见人类结直肠息肉ADs、SSLs及其衍化的CRC,并在功能上验证了不同结直肠息肉的起源和癌变分子过程。

3、两项研究揭示监测人类肠道微生物组的种类与变化,有助于个体疾病的诊断和治疗

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美国格拉德斯通数据科学与生物技术研究所长Katie Pollard博士领导的研究团队近期发表了两项新的研究成果,证明了监测细菌种类的重要性,并说明了在研究微生物群时监测不同细菌菌株的重要性。Pollard博士表示:“仅仅关注微生物的种类错过了很多信息。如果采取更细分水平的方法观察细菌菌株,将有助于发现微生物群与疾病之间的因果关系。”

文章

1、语义化版本 2.0.0[4]

想搞软件包开发的要懂一点。

2、An introduction to R Leaflet[5]

介绍这个包怎么绘制地图。

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3、使用遗传算法进行变量选择[6]

对算法和特征筛选感兴趣的读者可以看看。

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工具

1、dlookr - 诊断和探索性数据分析[7]

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2、graphlayouts[8]

This package implements some graph layout algorithms that are not available in igraph.

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3、shinyML - Compare Supervised Machine Learning Models Using Shiny App[9]

用Shiny搞机器学习。

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4、mkdocs-jupyter - Use Jupyter Notebooks in mkdocs[10]

通过Jupyter Notebook生成文档网站。

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5、gm - 音乐包[11]

轻松创建音乐,并在R Markdown文件,R Jupyter笔记本和RStudio中显示乐谱和音频文件。

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资源

1、MIT面向生命科学的深度学习课程

MIT6871课程主页:https://mit6874.github.io/

2、2022NAR数据库特刊:单细胞数据库合辑