Please cite this paper（https://ejnmmires.springeropen.com/articles/10.1186/s13550-017-0260-9） if you found it useful. Thanks! Wang H, Zhou Z, Li Y, et al. Comparison of machine learning methods for classifying mediastinal lymph node metastasis of non-small cell lung cancer from 18F-FDG PET/CT images[J]. 2017, 7.
论文引用——3.2 测试平台
项目代码是在Windows 7上运行的，主要用到的Matlab R2013a和Python，其中Matlab用于patch的分割和预处理，卷积神经网络搭建用到了根植于Python和Theano的深度学习框架Keras。Keras是基于Theano的一个深度学习框架，它的设计参考了Torch，用Python语言编写，是一个高度模块化的神经网络库，支持GPU和CPU，用起来特别简单，适合快速开发。
直接上干货，拒绝走弯路
下载一个Anaconda Python Distribution； 网址： https://www.continuum.io/downloads#_windows
无脑安装，一直next
安装完成后，该有的基础包就都有了，安装完anaconda，就相当于安装了Python、IPython、集成开发环境Spyder、一些包等等。然后打开Anaconda Prompt，cd到 .py 文件的路径，输入“python **.py”，注意：这儿和cmd的命令相比多了一个“python”。要是你不加python，会提示错误：拒绝访问。
打开Anaconda Prompt，输入命令，就可以运行py文件了
在打开的Anaconda Prompt的命令行中输入“pip install keras"，稍等片刻，keras直接就安装完了，好方便！
pip install keras
再接着输命令“conda install mingw libpython”，多等片刻，MinGW也就安装完了。
解决g++ not detected问题
最近我安装的时候感觉特别慢，有时候根本就没有进度，我怀疑是被墙了。
所以我默默地访问外国网站了，然后就有进度啦
接下来呢，开始装theano~三步走
1、下载theano的zip文件（https://github.com/Theano/Theano），解压到你电脑的.../Anaconda/Lib/site-packages/theano目录下，注意：原来这个site-packages里面本身就有一个叫做theano的东西，把它删了！替换成压缩包里的文件，并重命名为theano
2、添加环境变量: path: C:/Anaconda/MinGW/bin; C:/Anaconda/MinGW/x86_64-w64-mingw32/lib;
3、新建环境变量： PYTHONPATH: C:/Anaconda/Lib/site-packages/theano;
好了，理论上theano也安装成功了，测试一下看~在Anaconda Prompt的命令行中输入“python”，回车，然后输入“import theano”，回车。如果你看到“>>>”三个箭头，没有别的乱七八糟的东西了，就说明：你！安！装！成！功！啦！
至此，你已经可以运行keras的神经网络程序了，但是有一个小瑕疵：会警告你cl.exe找不到。你可以不理它，我提供解决方案是
去电脑的C盘目录下检索“cl.exe”，会出来几个cl.exe
靠谱的路径名是：C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 11.0\VC\bin\x86_amd64
当然啰，前提是你电脑里面装了Visual Studio (VS)，如果没装的话也没关系，装一下就好了啰。提供VS各个版本的免费下载地址：Visual Studio 各版本下载（http://blog.csdn.net/cometnet/article/details/19551125）
下载完，把搜索到的cl.exe的路径添加到系统路径Path里头，这个警告就会消失啦~
（可选）加速库CuDNN
从官网下载需要注册账号申请，两三天批准。网盘搜索一般也能找到最新版。
Windows目前就是cudnn-7.0-win-x64-v5.0-prod.zip。
下载解压出来是名为cuda的文件夹，里面有bin、include、lib，将三个文件夹复制到安装CUDA的地方覆盖对应文件夹，默认文件夹在：
C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA
添加环境变量: path: C:\Anaconda2;C:\Anaconda2\Scripts;
Cool，整个64位的python·keras就配置完成了，也就是说可以运行你的深度学习代码啰：)
至于说找keras的源代码，去这儿里随便挑一个，一般就用mnist_cnn.py。
如果你根据“干货”成功地配完了keras，那么就别往下看了，要是没成功，下面就是更加详细的步骤、遇到的错误和对应解决方案。供你参考：)
安装python
我选择的版本是2.7.11版本，注意了！不要装Python3.5.1，不然后续的深度学习配置各种坑。在Python的官方主页下载Python安装包。下载地址是：https://www.python.org/downloads/
下载2.7.11，不要追求最新的！！
选择64位！选择64位！选择64位！说三遍，不然到时候数据量大了就MemoryError了！
就是因为这个原因我要重新装python了！呵呵
我是Windows 7 64位的机子
当然喽，我当初没有装64位是有原因的，因为在运行mnist手写字体识别的神经网络时出现这个问题，那时我为了图简单，就干脆装了32位的python，哎，现在还得填坑！！！
64位的ImageDataGenerator会报错，但是你最后只要别用这个模块就好啦
在下载完成之后，一直点击下一步就OK了。注意：安装在系统盘！！
这儿选择just for me
在安装完成之后，我们需要手动添加环境变量：鼠标右键我的电脑 -> 属性 -> 点击高级系统设置 -> 点击环境变量 -> 点击PATH -> 在最后面加上我们的Python安装路径 -> 点击确定。反正就是Python27这个文件夹的系统目录
我的路径是：C:\\Python27
怎么看你有没有装成功咧，打开cmd命令行界面，输入python，返回了版本号，就可以啦
cmd怎么开我就不说了呗~
python安装成功！
安装pip
pip对于python就相当于apple store对于iPhone，是各个包的下载中心，刚刚下完的python相当于一个裸机，需要在pip里面下载一些深度学习需要的包~所以现在我们先下载安装pip。
同样需要在Python的官网上去下载，下载地址是：https://pypi.python.org/pypi/pip#downloads
自动跳转到这儿，下这个好了
下载完，解压到python27文件路径下
解压到这儿
打开，里面有一个setup.py，复制当前路径，在cmd下cd到这儿
cd C:\\Python27\\pip-8.1.1
到了C:\\Python27\\pip-8.1.1后，输入
python setup.py install
就酱，输两行代码
这种情况就是“没有配环境变量”！python安装的时候也一样
--------我是分割线---------
当然最近还出现了一个新的错误，就是这个
ImportError: No module named setuptools
要是你没遇到最好，直接跳到下一个分割线，遇到的话解决方法是：
直接用浏览器访问地址：https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py，直接打开了get-pip.py的源代码，可以直接把内容拷贝出来，然后在本地创建get-pip.py。就是新建一个txt文档，粘贴内容，重命名成get-pip.py，注意：文件类型改成了.py
运行cmd，cd到get-pip.py所在目录（我是C:\\Python27），运行代码：
运行get-pip.py，安装完成
--------我是分割线---------
按照之前介绍的添加环境变量的方法，我们在PATH最后添加：
C:\\Python27\\Scripts;
然后看看到底pip安装成功了没，在cmd里面输入pip，会出现这个
good for u, 你成功了！
安装深度学习框架Keras
上面都是基本的准备东西，要是你已经跪在前面了，那。。只能。。自求多福：) 啰，我现在要开始正式讲keras怎么用了！
注意一点：python以及keras的所有代码都在cmd界面运行的
我们可以先看看现在python有些什么包，在cmd下输入：
pip list
现在有pip，setuptools，wheel这仨
我们需要先安装scipy和numpy这两个包，注意：这两的比较奇葩，用pip安装会给你出来一堆错误，建议用网上的scipy.exe和numpy.exe无脑装，省事儿。你可能在网上会看到whl等格式文件和所谓的去“官网”（http://www.numpy.org/）安装，我只能忠告一下：不要入坑。
numpy.exe 64位下载地址：http://vdisk.weibo.com/s/sTuT3rm3Mg2jC
scipy.exe 64位下载地址：http://download.csdn.net/download/feixueyinjiayue/9027923
也许scipy.exe需要注册账号，就提供一下我的这两个exe的百度云链接：numpy.exe、scipy.exe
下载完这两个exe，都是无脑安装的，一直摁next即可。然后在cmd下输入“pip list”查看是否安装完，如果成功了是这个界面
阶段性开心一下
接下来我介绍pip这个appstore怎么用。也就是一句话的事儿，在cmd中输入：pip install **(你想下载的包)，回车就好了，确保有网，就可以自动开始下载安装啰，超级简单的。举例：
现在安装完scipy和numpy，我就可以下载安装keras了，就这样
pip install keras
这样keras就成功安装完了。
调试Keras
首先，你得有一个卷积神经网络的keras样例代码，一般来说比较推荐minst的，我可以提供代码和数据（https://pan.baidu.com/s/1nvla4TN#list/path=%2F），我想这个网站要成为下一步学习的垫脚石了，因为要开始小小地改代码了。
http://keras.io/
这个网站相当于keras的详细使用文档，是学习keras过程中避不开的参考
有了代码和数据，小改一下数据的路径，然后就开始解决一堆报错的问题了嘿嘿嘿：
错误1：sorry, unimplemented: 64-bit mode not compiled in
原因：32位的gcc不能编译64位程序。
解决方法：下载并安装64位gcc到E:\\MinGW\\bin，需要修改环境变量。（亲测不可行，呵呵）
错误2：'g++' is not recognized as an internal or external command.
我就是用我已经安装的codeblocks的g++.exe所在的路径放到环境变量里头就行了
错误3：TypeError: max_pool_2d() got an unexpected keyword argument 'mode'
这个就是keras内部的函数定义的时候形参多了一个“mode”，找到这个函数，把mode='average_exc_pad'这项删了即可；找函数的方法如下图，函数在theano_backend.py这个文件内（C:\\Python27\\Lib\\site-packages\\keras\\backend\\theano_backend.py），用搜索找到pool_out = downsample.max_pool_2d这个位置，把该删的删掉！
这个需要修改一下keras内部的代码~
--------我是分割线---------
如果实在遇到的坑太多，就换个方法，要是正常的话直接跳到下一个分割线就好了。
Anaconda python distribution 安装
下载一个Anaconda Python Distribution
网址：https://www.continuum.io/downloads#_windows
无脑安装，一直next
安装完成后，该有的基础包就都有了，安装完anaconda，就相当于安装了Python、IPython、集成开发环境Spyder、一些包等等。然后打开Anaconda Prompt，cd到py文件的路径，输入“python **.py”，注意：这儿和cmd的命令相比多了一个python。要是你不加python，会拒绝访问。
打开Anaconda Prompt，输入命令，就可以运行py文件了
然后在打开的Anaconda Prompt命令行中输入“pip install keras"，这样keras直接就安装完了，好方便！
--------我是分割线---------
好了，我们继续填坑。
错误4：g++ not detected !
前提是我已经将E:\\Program Files (x86)\\CodeBlocks\\MinGW\\bin和lib, include加入系统路径了。呵呵
找不到g++！
解决办法：在[Anaconda2] 中输入命令“conda install mingw libpython”
成功解决g++ not detected问题
错误5：Exception: Compilation failed (return status=-1073741701)
错误提示长这样
-fPIC问题的解决（http://taoo.iteye.com/blog/1826912）：看不懂，妈的
我的解决方法：首先不要用codeblocks的g++.exe，用Anacoda2中自带的MinGW的g++.exe，把这个路径加入环境变量
地址是C:\\Users\\Administrator\\Anaconda2\\MinGW\\x86_64-w64-mingw32\\bin，然后呢，错误提示变成了这样
error: CreateProcess: No such file or directory
对于这种错误4，错误5，我要提供一个终极解决方案啦！！！（不能忍了）
64位WIN7上成功安装theano,并运行了g++, GPU（http://blog.sina.com.cn/s/blog_990865340101hvuq.html）
我们已经安装完Anaconda了，然后现在要重！新！安！装！theano！
1、下载theano的zip文件(https://github.com/Theano/Theano)，解压到.../Anaconda/Lib/site-packages/theano(文件里面有个theano的文件夹，拿出来放在E:/Anaconda/Lib/site-packages里面)目录下。
2、添加环境变量: path: E:/Anaconda/MinGW/bin;E:/Anaconda/MinGW/x86_64-w64-mingw32/lib;
(32bit E:/Anaconda/MinGW/i686-w64-mingw32/lib;)
新建环境变量： PYTHONPATH: E:/Anaconda/Lib/site-packages/theano;
g++.exe，theano这种问题完美解决！
至此，我所有的问题都顺利的解决了，你呢？是不是也可以成功地训练你的神经网络了呢？
历时72个小时，终于又看到了这个亲切的画面，开心死了！
写个彩蛋
对于64位的Anaconda，如果python要读入MATLAB的数据文件.mat，好像不能再用32位的那句代码了，因为会出现“Python.exe已停止工作”的错误。
sio.loadmat()不好使了
解决方法是换一个读入方法呗~
h5py.File()
这个函数有很多优点哦：
1、可以读入MATLAB Version 7.3 or later (save -v7.3) Variables can exceed 2GB on 64-bit systems ! 这个版本的mat文件能储存的数据量超级大。
2、 输入的矩阵就是mat内部存的形式，举例：mat文件里面有一个A(3*2)的变量，sio.loadmat()读入的是一个一维的(1*6)的数组，然后还得reshape()一下变成(3*2)的；h5py.File()直接就读入一个(3*2)的数组。
刚刚测试了一下花了我72小时的64·python·keras，真的可以利用的内存爆大诶！！！
你看！导入的训练集14w+，测试集20w+
