R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图

#差异表达的lncRNA
deLNC <- c('ENSG00000260920','ENSG00000242125','ENSG00000261211')
#差异表达的mRNA
dePC <- c('ENSG00000043355','ENSG00000109586','ENSG00000144355')
#所有的RNA名字
genes <- c(deLNC, dePC)
#所有的样本名字
samples <- c('TCGA-2F-A9KO-01', 'TCGA-2F-A9KP-01',
            'TCGA-2F-A9KQ-01', 'TCGA-2F-A9KR-01',
            'TCGA-2F-A9KT-01', 'TCGA-2F-A9KW-01')
#样本类型
type=factor(c("normal","disease","disease","normal","normal","disease"))
#表达谱数据

rnaExpr <- data.frame(matrix(c(2.7,7.0,4.9,6.9,4.6,2.5,

0.5,2.5,5.7,6.5,4.9,3.8,

2.1,2.9,5.9,5.7,4.5,3.5,

2.7,5.9,4.5,5.8,5.2,3.0,

2.5,2.2,5.3,4.4,4.4,2.9,

2.4,3.8,6.2,3.8,3.8,4.2),6,6),

stringsAsFactors=FALSE)

#设置表达谱的行名为RNA的名字

rownames(rnaExpr) <- genes

#设置表达谱的列名为样本的名字

colnames(rnaExpr) <- samples
#构建所有mRNA和lncRNA的组合

combination <- expand.grid(deLNC, dePC)

#第一列为lncRNA，第二列为mRNA

names(combination)=c("lnc","pc")
#通过循环来计算所有lncRNA和mRNA之间表达的相关性以及p值

cor_result=apply(combination,1,function(x){

lnc=as.character(x[1])

pc=as.character(x[2])

result=cor.test(as.numeric(rnaExpr[lnc,]), as.numeric(rnaExpr[pc,]))

score=c(pval=resultp.value,resultestimate)

return(score)

})
#将lncRNA，mRNA的名字和相关性检验的结果合并起来

result=cbind(combination,t(cor_result))
#挑选p值小于0.05并且相关性大于0的lncRNA-mRNA对

index=which(resultpval&lt;0.05 &amp; resultcor>0)
#创建一个文件夹corplot来存放相关性图

dir.create("corplot")

#循环画出显著相关的mRNA和lncRNA的相关性散点图

for(i in index){

#获取p值

pval=round(result[i,3],4)

#获取相关系数

cor=round(result[i,4],2)

#获取lncRNA名字

lnc=as.character(result[i,1])

#获取lncRNA的表达量

lncExpr=as.numeric(rnaExpr[lnc,])

#获取mRNA名字

pc=as.character(result[i,2])

#获取mRNA的表达量

pcExpr=as.numeric(rnaExpr[pc,])

#创建pdf文件

pdf(file=paste0("corplot/",lnc,"_",pc,".pdf"),width=10)

#绘制散点图

plot(lncExpr,pcExpr,

col=c("red","blue")[type],

pch=c(15,24)[type],

xlab=paste(lnc," (lncRNA)"),

ylab=paste(pc," (mRNA)"),

)

#添加拟合的直线

abline(lm(pcExpr~lncExpr),lty=2,col="green",lwd=2)

#添加图注

legend("bottomright",legend=levels(type),col=c("red","blue"),pch=c(15,24))

#在散点图上添加p值和相关系数

mtext(paste0("cor=",cor,"\npval=",pval), side=3,line= -2,adj = 0.1)

dev.off()

}