Knowledge-based BERT: a method to extract molecular features like computational chemists

近交系数： 近交系数（inbreeding coefficient）是指根据近亲交配的世代数，将基因的纯化程度用百分数来表示即为近交系数，也指个体由于近交而造成异质基因减少时，同质基因或纯合子所占的百分比也叫近交系数，个体中两个亲本的共祖系数。

首先, 将系谱进行一下转换, 使用nadiv的prepPed函数, 预处理. 它会自动不齐没有亲本的个体, 变为NA.

我们在做表达谱数据分析的时候，经常需要检测基因两两之间表达的相关性。特别是在构建ceRNA网络的时候，我们需要去检查构成一对ceRNA的mRNA和lncRNA之间的表达是否呈正相关。前面给大家分享过R计算多个向量两两之间相关性，今天小编就给大家分享一个实际的应用案例，用R去批量的检测大量mRNA跟lncRNA之间表达的相关性，并绘制散点图。

之前分享过Matlab求解混沌系统最大李雅普诺夫指数Matlab求解混沌系统最大李雅普诺夫指数这次分享通过jac矩阵的方法来求解李雅普诺夫指数。假定研究系统为：某二维非线性动力系统方程组合 这其jac矩阵的为2*2矩阵，第一行为x(n+1)分别对xn和yn求导； 第二行为y(n+1)分别对xn和yn求导则jac矩阵表达式为[-2*a*x,1; b 0]；完整代码实现： 代码语言：javascript复制clc close all clear N = 1000; a = (0:0.001:1.4)'; b...

在RFC3550中，除了定义了⽤来进⾏实时数据传输的 RTP 协议外，还定义了 RTCP 协议，⽤来反馈会话传输质量、⽤户源识别、控制 RTCP 传输间隔。在 Webrtc 中，通过 RTCP 我们可以实现发送数据/接收数据的反馈，传输控制如丢包重传、关键帧请求，⽹络指标 RTT、丢包率、抖动的计算及反馈，拥塞控制相关的带宽 反馈，以及⽤户体验相关的⾳视频同步等等。为了让开发者获取以上数据指标，Webrtc 提供了统⼀的接⼝调用,如在GoogleChrome中,可以通过 RTCPeerConnection

首先, 将系谱进行一下转换, 使用nadiv的prepPed函数, 预处理. 它会自动不齐没有亲本的个体, 变为NA.

这里的a为A数据集的基因数，b为B数据集的基因数，inter为两者交集的基因数。 计算韦恩图P值的代码为

大家晚上好，今天给大家介绍一个可以处理FASTA文件的包-Biostrings。这个包主要是处理基因组的一些序列信息，包括：序列翻译、DNA/RNA互转、统计各个碱基的含量、三连字母的含量.....这些都是一行命令可以解决的。今天就先来教大家怎样计算GC/AT含量。

下面这个流程是下载这个网站公开数据的方法，使用到的工具是TCGAbiolinks(https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks)，

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今天小编推荐一个谷歌插件，来解决这个问题。划重点，完全免费，让你下载文献再也不用求人了。

ImageGP从2017年推出后，稳定运行3年，因其使用简单方便，深受广大朋友们喜欢。

目前，生信文章常常不再局限于单一组学分析，而是将基因表达与非编码RNA、突变、甲基化、CNV、临床数据进行整合分析，多组学分析已然成为生信分析的主流趋势。今天，为大家分享一个近期发表在“核酸”杂志上的神器——DriverDBv3，也是一个可以一站式解决肿瘤多组学分析的“炫酷”神器！

我们知道一般基因启动子区域的超甲基化会导致下游基因转录受到抑制，从而使表达量下调。也就是一般启动子区域的甲基化水平跟下游基因的表达是成负相关的。

DNA的物理化学性质主要由碱基组成决定，有两种方法表示：碱基比例base ratio和GC百分含量简称GC含量GC content

2、基因注释ENSG to gene name，这个来源可是TCGA，Xena，还有自己的测序结果。