序列比对和序列特征分析总目录
1 DNA序列组分分析
DNA的物理化学性质主要由碱基组成决定,有两种方法表示:碱基比例base ratio和GC百分含量简称GC含量GC content
原核生物的GC含量介于25%到75%之间,据此可以识别菌种。
真核生物的GC含量不如原核明显,但基因组不同区域的GC含量存在差异。
GC含量与没密码子使用频率有关,还影响DNA的解链温度。
可以用以下两个在线工具分析DNA序列组成,同时这两个网站还有其他功能。分别是
BioEdit
BioEdit功能十分强大,组成分析只是其中一个小的功能
DNAMAN
BioEdit实例:
BioEdit
Result
2 DNA序列转换
因为DNA序列有双链性,双链互补性及ORF在两条链上存在的特性,所以进行序列分析时,经常要对DNA进行格式转换,比如反向序列,互补序列,反向互补序列,显示DNA双链,转换为RNA等。
软件有
- DNASTAR 核酸和蛋白质序列的综合分析工具
- BioEdit
- DNAMAN等。