各位小伙伴,大家好,我是邓飞,今天介绍一下,如何使用R语言进行logistic分析,并且计算OR值和置信区间。
OR值的定义:
OR 值(odds ratio)是一种统计量,用于度量两个事件的概率发生的相对大小。在二分类 GWAS(基因组关联研究)分析中,OR 值用于衡量某个基因变异(或基因型)与某个疾病(或特征)之间的关联程度。
OR 值大于 1 表示基因变异和疾病间存在正相关,即该变异可能增加患病的概率;OR 值小于 1 则表示基因变异和疾病之间存在负相关,即该变异可能减少患病的概率。一般情况下,OR 值越大表示基因变异和疾病间的关联程度越强。
在二分类 GWAS 分析中,通过计算每个基因变异的OR值,可以评估其与疾病之间的关联程度,从而推断基因变异对疾病风险的贡献。这可以帮助研究人员了解潜在的遗传基础以及疾病风险的变化。
plink的Logisitic模型的GWAS分析计算结果如下:
R语言的解决方案:
代码语言:javascript
复制
m1 = glm(phe.V3 ~ rs3131972_A,family = "binomial",data=dd ) summary(m1)
计算OR值
exp(coef(mod))
置信区间
exp(confint(mod))
一步到位:OR值和置信区间
library(questionr)
odds.ratio(mod)
结果:
手动计算OR值:
一步到位的OR值和置信区间: