ldsc 计算遗传力+遗传相关+LD score的python程序安装以及测试

大家好,我是邓飞,今天介绍一下LDSC软件的安装。

LDSC是一个用python语言编写的程序,可以使用GWAS的summary结果,计算遗传力,遗传相关以及LD 得分,功能强大,应用广泛。

ldsc is a command line tool for estimating heritability and genetic correlation from GWAS summary statistics. ldsc also computes LD Scores.

官网地址:

  • https://github.com/bulik/ldsc

1. 软件安装

1.1 windows安装教程

首先配置:

  • anaconda,为了需要conda环境
  • git,为了下载github中的ldsc程序

打开windows电脑中的promote:

键入命令:

代码语言:javascript
复制
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
conda env create --file environment.yml
source activate ldsc

可以看到,正在从github中下载ldsc程序:

正在创建conda环境:

报错:

貌似python没有配置好。

这个bug后面博客更新。

1.2 Linux安装:

下载ldsc软件

代码语言:javascript
复制
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc

配置conda环境:

代码语言:javascript
复制
conda env create --file environment.yml
source activate ldsc

还在运行中:

激活ldsc虚拟环境成功:

测试是否安装成功:

代码语言:javascript
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./ldsc.py -h
./munge_sumstats.py -h

出现下面帮助文档,说明软件安装成功:

2. 软件测试

里面有test文件 夹,里面有测试数据和代码:

下一章节介绍ldsc的运行教程。