R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标

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原文链接：http://tecdat.cn/?p=6095

读取样本数据

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D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D)
## [1] 416   7

查询部分数据（结果和预测因子）

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head(D)

time status      age albumin edema protime bili


1  400      1 58.76523    2.60   1.0    12.2 14.5


2 4500      0 56.44627    4.14   0.0    10.6  1.1


3 1012      1 70.07255    3.48   0.5    12.0  1.4


4 1925      1 54.74059    2.54   0.5    10.3  1.8


5 1504      0 38.10541    3.53   0.0    10.9  3.4


6 2503      1 66.25873    3.98   0.0    11.0  0.8

模型0和模型1的结果数据和预测变量集

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outcome=D[,c(1,2)]

covs1<-as.matrix(D[,c(-1,-2)])

covs0<-as.matrix(D[,c(-1,-2, -7)])


head(outcome)


time status


1  400      1


2 4500      0


3 1012      1


4 1925      1


5 1504      0


6 2503      1head(covs0)


age albumin edema protime


1 58.76523    2.60   1.0    12.2


2 56.44627    4.14   0.0    10.6


3 70.07255    3.48   0.5    12.0


4 54.74059    2.54   0.5    10.3


5 38.10541    3.53   0.0    10.9


6 66.25873    3.98   0.0    11.0head(covs1)


age albumin edema protime bili


1 58.76523    2.60   1.0    12.2 14.5


2 56.44627    4.14   0.0    10.6  1.1


3 70.07255    3.48   0.5    12.0  1.4


4 54.74059    2.54   0.5    10.3  1.8


5 38.10541    3.53   0.0    10.9  3.4


6 66.25873    3.98   0.0    11.0  0.8

推理

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t0=365*5

x<-IDI (outcome, covs0, covs1, t0,npert=200) ;

输出 

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##     Est. Lower Upper p-value


M1 0.090 0.052 0.119       0


M2 0.457 0.340 0.566       0


M3 0.041 0.025 0.062       0

M1表示IDI

M2表示NRI

M3表示中位数差异

图形演示

#变量#模型#数据