如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标|附代码数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=6095

最近我们被客户要求撰写关于生存分析的研究报告，包括一些图形和统计输出。

本文演示了如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标

读取样本数据

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 D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D)

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## [1] 416   7

查询部分数据（结果和预测因子）

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head(D)

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##   time status      age albumin edema protime bili
## 1  400      1 58.76523    2.60   1.0    12.2 14.5
## 2 4500      0 56.44627    4.14   0.0    10.6  1.1
## 3 1012      1 70.07255    3.48   0.5    12.0  1.4
## 4 1925      1 54.74059    2.54   0.5    10.3  1.8
## 5 1504      0 38.10541    3.53   0.0    10.9  3.4
## 6 2503      1 66.25873    3.98   0.0    11.0  0.8

模型0和模型1的结果数据和预测变量集

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outcome=D[,c(1,2)]
covs1<-as.matrix(D[,c(-1,-2)])
covs0<-as.matrix(D[,c(-1,-2, -7)])
head(outcome)

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##   time status

## 1  400      1

## 2 4500      0

## 3 1012      1

## 4 1925      1

## 5 1504      0

## 6 2503      1
head(covs0)</code></pre></div></div><div class="rno-markdown-code"><div class="rno-markdown-code-toolbar"><div class="rno-markdown-code-toolbar-info"><div class="rno-markdown-code-toolbar-item is-type"><span class="is-m-hidden">代码语言：</span>javascript</div></div><div class="rno-markdown-code-toolbar-opt"><div class="rno-markdown-code-toolbar-copy"><i class="icon-copy"></i><span class="is-m-hidden">复制</span></div></div></div><div class="developer-code-block"><pre class="prism-token token line-numbers language-javascript"><code class="language-javascript" style="margin-left:0">##        age albumin edema protime
## 1 58.76523    2.60   1.0    12.2
## 2 56.44627    4.14   0.0    10.6
## 3 70.07255    3.48   0.5    12.0
## 4 54.74059    2.54   0.5    10.3
## 5 38.10541    3.53   0.0    10.9
## 6 66.25873    3.98   0.0    11.0

head(covs1)

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##        age albumin edema protime bili

## 1 58.76523    2.60   1.0    12.2 14.5

## 2 56.44627    4.14   0.0    10.6  1.1

## 3 70.07255    3.48   0.5    12.0  1.4

## 4 54.74059    2.54   0.5    10.3  1.8

## 5 38.10541    3.53   0.0    10.9  3.4

## 6 66.25873    3.98   0.0    11.0  0.8

R语言生存分析数据分析可视化案例

推理

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<span style="color:#333333"><span style="color:#333333"><code><span style="color:#000000">t0</span><span style="color:#687687">=</span><span style="color:#009999">365</span><span style="color:#687687">*</span><span style="color:#009999">5</span>

<span style="color:#000000">x</span><span style="color:#687687"><-</span><span style="color:#000000">IDI </span><span style="color:#687687">(</span><span style="color:#000000">outcome</span>, <span style="color:#000000">covs0</span>, <span style="color:#000000">covs1</span>, <span style="color:#000000">t0</span>, <span style="color:#000000">npert</span><span style="color:#687687">=</span><span style="color:#009999">200</span><span style="color:#687687">)</span> ;</code></span></span>

输出

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##     Est. Lower Upper p-value

## M1 0.090 0.052 0.119       0

## M2 0.457 0.340 0.566       0

## M3 0.041 0.025 0.062       0

M1表示IDI

M2表示NRI

M3表示中位数差异

图形演示

本文摘选《 R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标 》。