Day3-小王-linux使用conda进行软件安装与环境配置

利用conda进行linux软件安装和环境配置

下载与安装conda

下载：搜索miniconda的镜像网站，复制下载链接进入linux，来到目标安装目录，下载文件

代码语言：Linux

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wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh

安装与激活

代码语言：Linux

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bash Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh

按q，跳过

代码语言：Linux

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source ~/.bashrc

激活conda

代码语言：Linux

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conda

如果出现一大段，说明激活成功

镜像：因为国内下载国外网站的文件比较慢，需要使用镜像，代码如下

代码语言：Linux

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conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

这是conda进行配置添加、显示下载channel的指令

使用conda

观察软件列表

代码语言：Linux

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conda list

通过这个指令能看到所有已经下载的软件

关于环境

代码语言：Linux

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conda info --envs

查看环境

带*的是激活的环境

代码语言：Linux

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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

添加环境的指令。-n是--name的意思，python代表软件是基于python开发，其他的不用管

代码语言：Linux

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conda activate rna-seq

激活这个环境

再查看的时候发现这个环境前面带上了*号，同时前面括号里面的也变成了新激活的环境。

不错，感觉今天的内容还比较好玩。早上做实验提的质粒现在感觉手上/身上还是有点臭烘烘的。