Day3-蓝色柠檬

今天是学习的第三天重点学习Linux环境下软件的安装,开始用我不怎么灵光的脑子努力学习,哈哈哈~

一、下载miniconda到服务器

首先,进入“miniconda 清华”官网,我直接用了【生信星球】老师推荐的链接进入。

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

按照更新时间寻找,最新版Linux的miniconda软件,将其安装到服务器上,之后在服务器输入安装命令。(可以确定一下服务器是多少位的:uname -a)

代码语言:javascript
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cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

二、安装激活miniconda

2.1安装步骤 命令+手动

代码语言:javascript
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bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

把miniconda安装到服务器上后,需要手动安装,注意在提示下按回车,此步骤不要着急,一行一行慢慢按,防止报错,等到出现输入,yes or no的选项时注意输入yes并enter,在提示下一步步进行,待出现以下界面就说明安装成功了。

2.2激活步骤

代码语言:javascript
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source ~/.bashrc #注意空格,用以激活conda
conda #查看是否完成激活

2.3添加镜像

所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度!!这里使用北外的镜像。这里直接使用【生信星球】的命令。

代码语言:javascript
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# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

一步一步复制,注意复制一步就需要按回车,否则会报错。

三、使用Conda

3.1查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

3.2安装软件

conda install fastqc -y(-y就是yes的意思,现在输入就防止手动安装)

3.3确认fastqc软件是否安装成功

fastqc --help(出现帮助文档则说明安装成功了)

3.4卸载软件

conda remove fastqc -y

基于此,利用conda进行软件安装与卸载就学习了一遍。

四、附件题

这个部分被称为选修,今天时间比较充裕,因此把后面也学习一下。

代码语言:javascript
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conda info --envs #确定conda是否激活,*在路径前则表明激活
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #含义为先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)转录组数据分析
conda info --envs #再次查看conda环境,此时多了一个rna-seq
conda activate rna-seq #激活新环境rna-seq
conda info --envs #查看conda环境,*到了rna-seq前,说明上一步操作成功
fastqc --help #确定一下fastqc是否安装成功,出现帮助文档-成功了
conda deactivate #退出当前环境

第三步输出结果

第五步输出结果

本次学习最花费时间的地方在于手动安装miniconda,提示要一步步来,不要心急,心急吃不了热豆腐,如果一直按回车在需要输入yes的地方也不小心按到回车,就导致服务器安装程序报错,可以关掉Xshell,再重新安装一次,如果重复下载miniconda,请记住删除多余的miniconda包(rm 程序名)

最有意思的点在于,可以用conda既创建新环境,又同时安装多个软件!!学习Linux还是很有意思的。

回顾昨天有意思的一个练习,vi和cat命令