生信星球 day 3 —— 橙子🍊

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安装一切顺利，愉快学习的一天，感谢生信星球，感恩豆豆花花，继续磕cp

安装操作记录

1. 进入镜像网站 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

清华大学conda镜像网站

2. 查看linux服务器位数

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uname -a

选择对应的64位，.sh是脚本文件后缀；注：64-bit（x86_64）、32-bit(x86)

3. 选择相应的miniconda，右键复制链接网址

x86_64.sh

4. 将miniconda脚本安装至biosoft文件夹中

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cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

5. 安装miniconda

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bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #记得用tab

安装过程中会出现很多的版权信息，持续按回车跳过；当出现“Do you accept the license terms? yes|no”时，说明安装要开始了，linux系统能yes就yes，主打听话就好

图源生信星球
安装成功

6. 激活conda，注意空格

代码语言：txt
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source ~/.bashrc
conda

出现帮助文档，说明成功

来源生信星球

7. 添加镜像网站

使用北外的镜像

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conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda记录（linux的软件商店）

1. 查看当前服务器安装的所有软件

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conda list

2. 安装软件

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conda install fastqc -y  #-y是yes，即安装过程中conda问的问题，全部回答yes
fastqc --help

出现帮助文档，说明安装成功

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conda remove fastqc -y

卸载软件

Conda环境

1. 查看当前环境

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conda info --envs

前面带*的就是当前激活的（base）

2. 新建环境

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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs

比如要处理转录组数据，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic；安装完确认一下。

3. 激活新环境

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conda activate rna-seq

相当于进入该环境，类似于cd 目录

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conda deactivate

退出当前环境

#conda