一种下载GEO原始数据CEL文件的方法（网络畅通版）

1、在已知GSM样本号之后，笔者以“GSM21231”为例。使用GEOquery包中的getGEOSuppFile函数获得cel文件的URL。

（此处的参数 fetch_files 要选择FALSE（默认为TRUE），表示不进行实际文件的下载，下载过程遵守ftp协议）

fileURL<- getGEOSuppFiles("GSM21231", fetch_files = FALSE) 

获得的fileURL可能有若干个，取第一个URL

fileURL<-fileURL[1,2]

2、借助 threadr 包中的download_ftp_file 函数来进行cel文件的下载为，具体为：

fileURL<-"https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples/GSM21nnn/GSM21231/suppl//GSM21231.cel.gz" # 上一步的结果
download_ftp_file( fileURL,file_local = "GSM21231.cel.gz" ,curl = T,verbose = T)
# curl=T 使用curl工具下载
# verbose=T 显示下载的描述信息
# 文件位于当前目录下

也可以使用命令行方式进行下载

% curl -O -C- -# fileURL
# -O 表示保留原始文件名，—C-表示断点续传，-# 显示下载进度条 

如此就能在本地下载好 GSM21231.cel.gz 文件了。

补充：

1、上面下载GsmID对应的Cel文件的方式，如果没记错的话，也可以用于下载GseID对应的文件，在GEO网站中，GseID对应的文件其实是其GseID对应文件的集合体的压缩包。)

2、上面有一些方法参考了他人的技术文章，但笔者一时找不到这些文章了。此处谢谢他们的技术分享。