回答:计算系统发育多样性时排除物种数影响

为什么:

(观测到的PD-随机打乱后得到的PD)/打乱后PD 的sd

这种算法可以排除物种数量的影响

多亏了美丽可爱温柔善良的小师妹帮忙问了一下,终于知道原因了。

以MNTD(mean-nearest-taxon-distance)和NTI(nearest-taxon-index)为例,其他系统发育多样性指数类似:

MNTDobs是观测到的MNTD,MNTDnull是随机打乱进化树之后得到的MNTD值,这个过程重复多次(~999次),可得到MNTDnull的分布。可近似转化为均值为0,标准差为1的标准正态分布。而这个分布其实是所有物种施加影响结果的集合。

MNTDobs和MNTDnull的差异越大,表明生态位过程(如环境选择)起的影响越大。

为了使结果更精确,不妨设定区间值为(-1.96,1.96),在此范围内曲线下的面积等于0.95,几乎包含了整个分布的面积(误差0.05)。1.96 ≈ 2,因此一般取(-2, 2)为范围。

NTI在(-2, 2)内,随机性占主导,否则确定性占主导。当然这样还可能会犯错,犯错的概率为0.05。这个方法也顺便把物种的影响排除了。

Reference

Stegen, J.C.; Lin, X.; Konopka, A.E.;Fredrickson, J.K. Stochastic and deterministic assembly processes in subsurface microbial communities. ISME J 2012;6:1653-1664