Pymol使用-制作动画

目的:

>使用pymol制作可以用于展示的动画,这个取决于你要展示什么,这个教程会尽可能的遍历所有操作,先以命令行走一遍,然后以操作界面鼠标点击走一遍。

命令行操作介绍:

>pymol作为一个通用性很高的分子可视化软件,同时支持鼠标界面操作以及命令行界面操作。首先介绍命令行操作,这个会快一些。

命令行输入界面

>红色边框标记的地方输入下面的动画指令

>

第一个动画

代码语言:javascript
复制
>Multiple Zooming
#初始化
reinitialize
#设置一个储存对象的matrix_mode,一个电影时间线,
set matrix_mode, 1
set movie_panel, 1
#获取2jep蛋白文件,不更新pymol
fetch 2jep, async=0
#除去水分子
remove resn HOH
#重置视觉中心
orient
#选择三条链上的不同的配体
select l1, c. A and i. 1397
select l2, c. A and i. 1396
select l3, c. B and i. 1396
#整个蛋白以cartoon形式展现,并且颜色为暗灰色
as cartoon
color grey
#非标准原子基团展示为sticks,颜色为绿色
show sticks, het
color magnesium, het
#设置一个480帧的动画框架
mset 1 x480

第一个场景,从第1帧到第60帧,界面显示为当前界面,停滞2秒

frame 1
mview store
frame 60
mview store

#场景2,视觉中心转化为ligand1,
frame 120
zoom l1
mview store

在ligand1处,停滞2s

frame 180
mview store

场景3,视觉中心移动到ligand2

frame 240
zoom l2
mview store

停滞2s

frame 300
mview store

场景4,视觉中心移动至ligand3

frame 360
zoom l3
mview store

停滞2s

frame 420
mview store

#场景5,视觉中心移动到整体,2s
frame 480
zoom
mview store

将场景整合为一个

mview reinterpolate

播放电影

mplay

停止电影

mstop

#导出,先下载ffmpeg
https://ffmpeg.zeranoe.com/builds/
#保存为MPEG格式
File→Save Movie As→MPEG
#使用这个网站转化为GIF格式
https://www.aconvert.com/cn/video/mp4-to-gif/

最终效果